研究队伍
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姓  名:
吴金雨
学  科:
医学基因组学
联系电话:
010-84504251
电子邮件:
wujy@biols.ac.cn
通讯地址:
北京市朝阳区北辰西路1号院5号 100101
更多信息:
  
简历:

  博士,副研究员,青年研究组组长。2007年毕业于温州医科大学获医学硕士学位,2014年毕业于中国科学技术大学获理学博士学位。2014年6月起在中国科学院北京生命科学研究院担任副研究员,青年研究组组长。目前,作为项目负责人主持国家自然科学基金面上项目,国家自然科学青年基金各1项。同时,担任中国遗传学会表观遗传学专业委员会委员,以及Nucleic Acids Research, Journal of Medical Genetics, BioinformaticsHuman Mutation等杂志的特约审稿人。 

研究领域:

  1.基于人类全基因组重测序的生物信息学算法和工具的开发

  随着个人基因组测序进入1千美元费用时代,基因组重测序会快速地在医学相关科研中得以普及。根据摩尔定律,人类全基因组重测序的成本会进一步快速下降,将使其应用到临床,最后进入大众群体和人人基因组时代。一个人的全基因组数据加起来约有100GB。基因组重测序成本的快速降低的同时,产出的数据量正在以史无前例的速度增长,使生物信息学进入到PB级大数据时代。如何存储、传输、共享、挖掘、可视化这些PB级的大数据将会面临着巨大的挑战。

  本课题组将针对这一大数据开发高效、快捷的生物信息学算法和工具,挖掘疾病相关的遗传变异,加快人类全基因组重测序从科研到临床的应用,尤其是个体化医疗的应用。截止2014年6月,本课题组已经积累了大于4200个中国人全外显子测序数据和400个中国人全基因组测序数据。

  2.基于人类全基因组重测序数据鉴定新的疾病相关基因和功能验证

  人类基因组重测序成本的快速降低,将会大大加快新的疾病相关遗传变异的挖掘。本课题组将围绕神经和精神系统的疾病,基于trios和家系,自己产生全基因组重测序数据,利用开发的生物信息学算法和已积累的大量全外显子组和全基因组测序数据,挖掘这些疾病新的致病基因和揭示其遗传发病规律。

  同时,我们欢迎和其他课题组合作,一起挖掘其他各种疾病新的致病基因和开展候选新基因的功能验证。

代表论著:
  1. Li JC, Cai T, Jiang Y, Chen HQ, He X, Chen C, Li XF, Shao QZ, Ran X, Li ZS, Xia K, Liu CY, Sun ZS*,Wu, JY*. Genes with de novo mutations are shared by four neuropsychiatric disorders discovered from NPdenovo database. Molecular Psychiatry, 2015 [accepted]
  2. Li JC, Jiang Y, Wang T, Chen HQ, Xie Q, Shao QZ, Ran X, Xia K, Sun ZS*,Wu, JY*. mirTrios: an integrated pipeline for detection of de novo and rare inherited mutations from trios-based next-generation sequencing. Journal of Medical Genetics, doi: 10.1136/jmedgenet-2014-102656, 2014.
  3. Xie Q, Liu Q, Mao FB, Cai WS, Wu HH, You MC, Wang Z, Chen BY, Sun ZS, Wu, JY*. A Bayesian Framework to Identify Methylcytosines from High-Throughput Bisulfite Sequencing Data. PLoS Computational Biology. 2014;10(9):e1003853.
  4. Ran X, Li JC, Shao QZ, Chen HQ, Lin ZD, Sun ZS*, Wu, JY*. EpilepsyGene: a genetic resource for genes and mutations related to epilepsy. Nucleic Acids Research, 43(Database issue):D893-9, 2014.
  5. Wang T, Liu Q, Li XF, Wang XB, Li JC, Zhu XC, Sun ZS, Wu JY¶. RRBS-analyser: a comprehensive web server for reduced representation bisulfite sequencing data analysis. Hum Mutat. 2013;34(12):1606-10.
  6. Wu JY, Liu Q, Wang X, Zheng JY, Wang T, You MC, Sun ZS, Shi QH. mirTools 2.0 for non-coding RNA discovery, profiling, and functional annotation based on high-throughput sequencing. RNA Biol. 2013;10(7):1087-92.
  7. Bi C*, Wu JY*, Jiang T, Liu Q, Cai WS, Yu P, Cai T, Zhao M, Jiang YH, Sun ZS. Mutations of ANK3 identified by exome sequencing are associated with autism susceptibility. Hum Mutat. 2012, 33(12):1635-8.
  8. Wu JY, Shen EJ, Shi D, Sun ZS, Cai T. Identification of a novel Cys146X mutation of SOD1 in familial amyotrophic lateral sclerosis by whole-exome sequencing. Genet Med. 2012, 14(9):823-6.
  9. Zhu EL, Zhao FQ, Zhou LL, Hou HB, Xu G, Bao QY, Sun ZS and Wu JY¶. mirTools: microRNA profiling and discovery based on high-throughput sequencing. Nucleic Acids Research 2010 38 Suppl: W392-7.
  10. Hou HB, Zhao FQ, Zhou LL, Zhu EL, Li XK, Wu JY¶ and Sun ZS¶. MagicViewer: integrated solution for next-generation sequencing data visualization and genetic variation detection and annotation. Nucleic Acids Research 2010 38 Suppl: W732-6.
  11. Bai J, Wang JR, Xue F, Xu G, Bao QY, Yan J and Wu JY¶. proTF: a comprehensive data and phylogenomics resource for prokaryotic transcription factors. Bioinformatics 2010, 26(19):2493-5.
  12. Xu X*, Wu JY*, Xiao J, Tan Y, Bao QY, Zhao FQ and Li XK. PlasmoGF: an integrated system for comparative genomics and phylogenetic analysis of Plasmodium gene families. Bioinformatics 2008 24(9): 1217-20.
研究组成员:

暂无